目前，天气冷热变化幅度大，特别是经过较长时间的冰冻低温天气，大部分辣椒幼苗处于营养断奶期，抗病力极弱，病虫害极易入侵，农户管理稍有不当，就会导致辣椒死苗、烂苗现象发生。现将辣椒苗期主要病害防治的措施介绍如下：

    一、非侵染性病害：烂根病又称沤根，是苗期主要病害之一，发病初期根部变成浅锈褐色，地上部茎叶无异常症状，至根部潰烂时，叶片变黄萎焉、以至枯死。该病不是受病原物侵染所致的病害，而是由于大气和土壤温度过低、湿度大、通风不畅、幼苗生长衰弱而导致的生理性病害
防治及处理措施，采取综合防治办法，提高育苗技术水平、控制棚内湿度，低温天气，可人工增加棚温，晚间在膜上增加草帘，撒细干土、草木灰等吸潮降湿，适当增施钾肥和艾格里微生物叶面肥，提高幼苗抗病能力。

    二、侵染性病害：造成死苗、烂苗的主要病害是猝倒病和立枯病。
    1、猝倒病，主要危害幼苗，种子出土前侵染造成烂籽，幼苗出土后，在近地面茎基部出现水渍状病斑，随即变黄、缢缩、凹陷，叶子还未调萎即猝倒，用手轻提极易从病斑处脱落，地面潮湿时病部可见白色绵毛状霉层。
    防治及处理措施，该病属土传性病害，育苗时必须用敌克松对苗床彻底消毒，如果已造成死苗、烂苗，必须立刻用杀毒矾、百菌清、铜铵合剂、辣椒特效治病灵、敌克松或枯腐必克、枯腐宁加辣椒稀施镁连续噴施3-5次，每次间隔3天左右。苗床湿度大时，不宜再喷药水，用甲基托布津或甲霜灵等粉剂拌草木灰或干细土撒于苗床上。发病中心应适当加大用药量，把床土喷湿喷透。
    发现病苗及时拔除，立即用生石灰：草木灰1:10的比例配成黑白灰撒入苗床。
2、立枯病， 该病主要危害茎基部。主要出现在育苗中后期，发病初期在茎基部产生椭圆形褐色病斑，白天萎焉、夜间恢复，以后病斑绕茎一周、下陷、干缩直至全株死亡，病株不倒伏，病部可见蛛丝状褐色霉层。
    防治及处理措施，该病也属土传性病害，同猝倒病防治方法大致相同，强调的一点是：育苗时床土必须疏松，不要压得太实，间苗后要适当松土，必要时撒草木灰以减轻立枯病为害。
加强苗期管理，防止苗床内出现高温、高湿状态。增施磷钾肥和艾格里微生物叶面肥，增强秧苗抗病力。苗床床土消毒要将五氯硝基苯和福美双混合使用。发病期可用甲基立枯灵乳油或甲基硫菌灵悬浮剂或井岗霉素等喷洒。一般每7天喷1次，连喷2-3次。当苗床同时出现猝倒病和立枯病时，可用普力克加福美双可湿性粉剂800倍混合液，或用绿亨1号（95％恶霉灵）1000倍液浇灌。
    3、灰霉病，幼苗发病，多在叶尖发生，由叶缘向内呈"V"字形扩展，呈水渍状腐烂，引起叶片枯死，表面生少量灰霉。
加强苗床、栽培棚室的通风，降低棚内湿度。适当控制浇水，浇水应在上午进行，以便排湿，减少夜间结露。发病初期及时喷药。可用速克灵、扑海因、多菌灵、百菌清，每隔 7-10天喷一次，共喷2-3次，温室大棚还可用 10％速克灵烟熏剂，每 667平方米（1亩）用药250-300克，或喷布5％百菌清粉剂，每 667平方米用药1公斤。
4、早疫病，多在辣椒3―5叶苗期发生。发病适宜温度为20―25℃，当空气湿度达80%以上，苗上有水膜出现时，有利早疫病的发生。
苗床浇水后及时通风降湿。苗床初发病时，用代森锌、或甲基托布津或多菌灵粉剂拌干细土撒施。大田防病可喷洒可杀得、或1:1:200波尔多液，或甲霜灵锰锌、或百菌清、或多菌灵500－800倍液喷洒。